Fox Mulder (David Duchovny) on inimene, kes usub ebaloomulikesse asjadesse. Dana Scully (Gillian Anderson) on skeptik, kes Mulderi ideedes pidevalt kahtleb.
Neid mõlemaid võetakse tööle FBI paranormaalsete juhtumite osakonda nimega "X-Files". Kõik, millega tavaliste FBI uurimisstandarditega hakkama ei saada, saadetakse neile. Tulnukad, koletised, vaimud, kahtlaselt käituvad inimesed on nende jaoks vahest lausa igapäevased.