Mõtteid lugeda suutev mutant Charles Xavier otsib uusi mutante, keda oma koolis õpetada toime tulema oma võimete ja maailmaga, mis mutante vihkab. Xavieri vastane, Magneto, kogub samuti enda ümber mutante, kuid teistsugusel eesmärgil. Ta valmistub sõjaks mittemutantide vastu.
Võrreldes vanema joonisseriaaliga, on seriaal läbi teinud mitmeid muudatusi. Paljud tegelased on teismeliseeas ja külastavad lisaks Xavieri koolile ka tavalist keskkooli. Sama kehtib ka Magneto poolt olevate mutantide kohta. Nii kohtuvadki vastased päevast päeva neutraalsel pinnasel, kus peavad oma võimeid varjama... kuid mõnikord on see liiga raske.