Pärast New Jersey'sse kolimist, mil ta oli 16-aastane ja oli just astunud sisse East Brunswicki Keskkooli, tegi Eisenberg oma teledebüüdi seriaalis "Get Real" (1999-2000), mis rääkis ühest veidra San Francisco perekonna elust. Järgmise sammu oma karjääris tegi Eisenberg rolliga filmis "Naistemees Roger" (2002), peale mida hakkas ta suunduma suurejoonelistemate stuudiote poole. 2005. aastal sai hulga positiivset vastukaja oma rolli eest filmis "Kalmaar ja vaal" (2005), kus ta omandas oma rolli eest ka ühe nimonatsiooni.

Pärast New Jersey'sse kolimist, mil ta oli 16-aastane ja oli just astunud sisse East Brunswicki Keskkooli, tegi Eisenberg oma teledebüüdi seriaalis "Get Real" (1999-2000), mis rääkis ühest veidra San Francisco perekonna elust. Järgmise sammu oma karjääris tegi Eisenberg rolliga filmis "Naistemees Roger" (2002), peale mida hakkas ta suunduma suurejoonelistemate stuudiote poole. 2005. aastal sai hulga positiivset vastukaja oma rolli eest filmis "Kalmaar ja vaal" (2005), kus ta omandas oma rolli eest ka ühe nimonatsiooni.

Olles nüüdseks ennast filmimaailmas tõestanud, said tema järgmisteks filmideks thrillerid "Cursed" (2005) ja "Jaht" (2007). Suureks kuulsuseks muutus ta koheselt, kui kinolinadele jõudis film "Tere tulemast Zombimaale" (2009), mis kujunes kiiresti välja täielikuks kassahitiks.

2010. aasta oli samuti Eisenbergi jaoks väga edukaks, olles saanud rolli filmis "Sotsiaalvõrgustik", kus ta kehastas end Mark Zuckerbergiks, Facebooki üheks loojaks. Eelmainitud filmirolli eest teenis ta mitmeid auhindu, kaasa arvatud Kuldse Gloobuse.