Whedon on üles kasvanud New Yorgis ja keskkoolihariduse omandanud Riverdale'i maakoolis, kus ka tema ema oli üks tema õpetajatest. Ta on veel kaks aastat käinud Winchesteri Kolledžis ning omandanud filmikraadi Wesleyani Ülikoolis.

Pärast Los Angelesse kolimist leidis ta sealt suhteliselt kiiresti endale töö stsenaristina seriaalile "Roseanne", millele järgnes veel üks seriaal - "Parenthood". Järgmise stsenaariumi kirjutas ta filmile "Buffy the Vampire Slayer" (1992), mille lõpptulemusega ta tegelikult rahul polnud. Nimelt suur osa tema stsenaariumist kirjutati ümber, mistõttu muutus ka filmi üleüldine imago. Tema järgmisteks stsenaariumitöödeks said filmid "Tulnuka taassünd" (1997) ja "Lelulugu" (1995), viimasega nomineeriti teda ka Oscarile.

1997. aastal tekkis Whedonil võimalus äratada ellu Vampiiritapja Buffy, luues stsenaarium sellenimelisele seriaalile. See kord, seriaali eestvedajana ja produtsendina, oli tal täielik kontroll seriaali teostuse üle, mistõttu sai ta selle luua just enda silma järgi ja sellises toonis, millises ka film oleks pidanud olema. Seriaal oli täielik hitt ning jõudis elus püsida mitmeid hooaegu.

Ta on lavastajapuldis olnud ka kahe filmiga: "Serenity" (2005) ja "Tasujad" (2012).