"Kubo ja kaks pillikeelt" on maagiline kogupereseiklus imeilusas iidses Jaapanis, mis on täis põnevust, salapära, humoorikaid tegelasi ja võimsaid tundeid. Visuaalselt lummav ja sisult äärmiselt liigutav multifilm räägib laste ja vanemate vahelisest igikestvast tingimusteta armastusest.

Kubo on nutikas ja südamlik poiss, kes teenib oma nappi elatist jutustades imepäraseid lugusid Hosato rannaküla elanikele. Kuid ühel päeval kutsub Kubo tahtmatult oma maagilisi võimeid kasutades kohale iidse vaimu poisi perekonna minevikust, kes tahab nüüd sisse nõuda vana veritasu. Vaimu eest põgenemisel liituvad kohkunud Kuboga hoolitsev Pärdik ja lustlik Põrnikas. Koos tuleb neil lahendada müsteerium, mis juhtus Kubo kauakadunud isaga - suurima samurai kangelasega, keda maailm on eales tundnud. Oma maagilise keelpilli - shamiseni - abiga võitleb armas Kubo vapralt nii jumalate kui koletistega, kelle hulka kuuluvad ka kättemaksu ihkav Kuukuningas koos kurikavalate kaksikõdedega. Selleks, et viia täide oma sangarisaatus, peab Kubo ära mõistatama perekonna maagilise saladuse ja tooma taas kokku armastatud vanemad.