Eelmisest osast tuntud superlurjus Shredder (Brian Tee) liitus pärast vangistusest põgenemist hullu teadlase Baxter Stockmaniga (Tyler Perry), seekord on närukaeltel ambitsioonikas plaan allutada kogu maailm oma võimu alla. Nendega ühte kampa pressisid endid ka kaks üpris tagasihoidliku ajumahuga naljavennast sabarakku Bebop (Gary Anthony Williamns) ja Rocksteady (wrestlingu-staar Stephen "Sheamus" Farrelly), kes muteeruvad suurejoonelisteks elukateks (kuigi ega see kupli alla neile mingit apgreidi ei too).

Kui ninjakilpkonnad Shredderi ja tema uued käsilased ette võtavad, selgub üllatuslikult, et kuttidel on vaja arved klattida veelgi kolossaalsema vastasega - mängu astub kurikuulus Krang.