Kaugel Johto piirkonnas asub paik, kus Mewtwo on asunud elama koos oma

superkloonidest pokemonidega, kuid Raketijõugu juht avastab selle idüllilise paiga.

Sinna jõuavad kohale ka Ash, Pikachu ja teised sõbrad. Giovanni annab Mewtwole

valiku: ta alistub inimeste võimule või ta annab ära oma superkloonid. Lõpuks tuleb

välja, et Mewtwo saatus on Ashi kätes...