Agent 47 on eliitpalgamõrvar, kes on läbinud geneetilise muunduse, mis on teinud temast täiusliku taparelva. Tema genees koosneb aastakümnetest uuringutest ja 46-st eelnevast kloonist, mille tulemusena on ta omandanud endale enneolematu jõu, kiiruse, vastupidavuse ja intelligentsuse. Tema järgmiseks sihtmärgiks saab olema suurkorporatsioon, kellel on plaan üles kaevata Agendi minevik ja päritolu, et luua temasuguste armee, kelle võimed võivad ületatada isegi tema omasid. Kuid oma sihtmärgi hävitamiseks peab ka 47 ise silmitsi seisma enda päritolu avastamisega.