Aeon Flux on müstiline ulmefilm, mis viib vaatajad 400 aastat tulevikku, kus suur osa Maa elanikkonnast on surnud. Elavad vaid need, kes asuvad isoleeritud linnriigis nimega Bregna, mida valitseb rühm teadlasi. Linnas keeb aga varjatud võimuvõitlus ning põrandaalune vastupanuliikumine saadab oma osavaima võitleja, Aeon Fluxi (Charlize Theron), tapma valitsusjuhti. Oma ülesannet täites satub Aeon aga räpaste saladuste jälile, mis muudavad ta arusaama kõigest täielikult.