On aasta 1914 ja noor ajaloohuviline Milo Thatch püüab veenda oma kolleege Ajaloomuuseumis, et teab kadunud Atlantise asukohta. Oma kirgliku harrastuse tõttu on ta sageli teiste naerualuseks kuni ühel päeval huvitub tema tegemistest jõukas härrasmees Preston B. Whitmore. Veidrikust miljonär korraldab Atlantise asukoha leidmiseks suurt uurimisretke ning soovib, et Milo kui keeleteadlane sellest osa võtaks. Teiste retkeliste hulka kuuluvad geoloogid, lõhkamismeistrid, mehaanikud, arstid, jne. Retke juhib komandör Rourke ning pikale ja ohtlikule reisile viib nad võimas allveelaev Ulysses. Milo liitubki meeskonnaga ning Atlantise avastusrekt võib alata!

Ohtlik ja seiklusterohke teekond viibki nad Atlantise saladuse jälile. Muinasjutuline kuningriik asub sügaval ookeanipõhjas ning Atlantise aarde - särava kristalli - võimas energia annab linnaelanikele valgust, energiat ja ravi. Kohtudes Atlantise imekauni printsessi Kida ja tema isa, Atlantise kuningaga, selgub ka uurimisretke tõeline põhjus. Komandör Rourkei ülesandeks on viia varastada Atlantise elanikelt kristall ning see maa peal maha müüa. Milo ja Kida asuvad kurja plaani vastu võitlema, et päästa Atlantise elanikud kindlast hävingust. Ilma kristallita pole Atlantisel elu.