12-aastane Brendan (Evan McGuire) elab 9. sajandi Iirimaal müüriga kaitstavas Kellsi kloostris. Teda õpetab onu Cellach (Brendan Gleeson), kes ise on kloostri abt ja püüab iga hinna eest sealseid elanikke põhjast saabuvate sõjameeste eest kaitsta. Varsti saabub kloostrisse vend Aidan (Mick Lally), kellel on kaasas salapärane raamat ja ohtude kiuste peab just Brendan vananevat meistrit raamatu lõpetamisel aitama.

"Kellsi saladus" on kaunis lugu, mis tutvustab ühte versiooni kuulsa Kellsi raamat loomisest.