Maa looduslikud ressursid on inimkonna poolt hävitatud ja sõda ägeneb nelja korporatsiooni vahel: Capitol, Bauhaus, Mishima ja Imperial.

Mitch Hunter (Thomas Jane) ja Nathan Rooker on Capitoli sõdurid, kes on lahingus Bauhaus'i vastu. Kui ekslikult üks mürsk hävitav iidse kivist pitseri, siis avastavad nad enda jaoks uue vaenlase: jubedad NekroMutandid, kelle relvadeks on luumõõgad, mis kasvavad nende kätest välja. Mitch vaevu pääseb, Nathan kahjuks mitte.

Mutandid paljunevad kiiresti ja hävitavad kõik oma teel. Korporatsiooni juht Constantine (John Malkovich) kavatseb juba lahkuda Maalt ja jätta inimeste saatus mutantide kätte, kui talle läheneb vend Samuel (Ron Perlman), kes on Vennaskonna juht. Tal on raamat, mis sisaldab ettekuulutust mutantide tõusust ning ka "päästjast", kes mutandid hävitab. Samuel usub, et tema ongi see "päästja", kes peab ette võtma teekonna Maa sisemusse ja hävitama mutantide alge. Tal õnnestub palgata Mitch koos teiste sõduritega: Steiner(Benno Fürmann) - Bauhausi tunnustatud sõdur, mõõka kandev Severian(Anna Walton), tänavavõitleja El Jesus(Luis Echegaray), kartmatu ja ilus Duval(Devon Aoki) ning stoiline sõdalane Juba(Tom Wu).

"Mutantide kroonika" jälgib Mitchi ja Samueli teekonda pimeduse südamesse, et päästa planeet Maa surma toovate mutantide käest.