Müstilised olevused alustavad mässu Maa elanike vastu, et saada Maa valitsejateks ning seetõttu on inimestel taaskord vaja abi Hellboy'lt, kes peab taastama rahu kahe maailma vahel. Kui eelmises Hellboy filmis oli Paranormaalsete Uuringute ja Kaitse Büroo salajane ühendus, mida püüti varjata, siis nüüd paljastatakse selle olemus maailmale.