Hellboy (Ron Perlman) sündis põrgu leekides Teise maailmasõja ajal, mil võimuahne maniakk Rasputin (Karel Roden) tõi ta siia maailma, et aidata kurjusel võimule pääseda. Noore Hellboy päästis professor Broom (John Hurt), kes asutas Paranormaalsete Uuringute ja Kaitse Büroo. Selle suletud uste taga leidis ähvardava välimusega, saba ja sarvenukkidega punane olevus endale kummalise perekonna, kuhu kuuluvad muuhulgas telepaatiliste võimetega amfiibinimene Abe Sapien (Doug Jones) ja Hellboy unistuste naine Liz Sherman (Selma Blair), kes suudab valitseda tuld.

Olles varjatud sama ühiskonna eest, mida nad üleloomulike vastaste eest kaitsma peavad, moodustab Büroo viimase kaitse Rasputini ja selle käsilaste vastu, kes tahavad viia lõpule 60 aastat tagasi pooleli jäänud töö.