Film võtab aset 14 aastat pärast Robotmunder Gundamit. Film lõpetab ka pikka aega kestnud rivaalitsemise Amuro Ray ja Char Aznable vahel.

Peale Föderatsiooni ning kosmosekolooniate vahelist pikaajalist sõda, on Char leiutanud radikaalse lahenduse: pommitades Maad asteroididega, muudab ta planeedi keskkonna elamiskõlbmatuks, sundides inimkonda elama ainult kosmoses. Kuid tema plaani ees seisab Amuro ja väike Föderatsiooni laevastik. Nii otsustabki inimrassi saatust nende kahe NewType sõdalase vaheline lahing.