Sündmus leiab aset 20 sajandi alguses alternatiivreaalsuses, kus alkeemia on reaalne, äärmiselt arenenud ja austatud. Loo keskmes on vennad Edward ja Alphonse Elric, kes pärast inimese ümberkujundamise keelatud tehnika proovimist kannatavad tagajärgede käes. Alphonse kaotab terve oma keha, samal ajal kui Edward kaotab vasaku jala. Seejärel ohverdab Edward oma parema käe et päästa venna hing, kinnitades selle metallist soomusega kehale. Edward saab seejärel mehaanilised proteesid oma puuduva käe ja jala asemel. Pärast vastuvõtmist Riigi Alkeemikke, antakse talle hüüdnimi "Täismetallist alkeemik", samal ajal otsides koos Alphonsega legendaarset filosoofi kivi, mis parandaks nende kehad.