Megiddo on üleloomulik teekond Apokalüpsise piiril olevasse maailma. See järgneb Machiavelli liidri tõusule, kes on püüdnud koguda maailma armeed Harmageddoni lahinguks, samal ajal kui piiblimõõtmelised õnnetused tabavad Maad. Ehkki nii Omega koodi eellugu kui ka järg, töötab Megiddo ka eraldiseisva loona kõigile, kes igatsesid oma eelkäijat sest oma emotsionaalse tuumana on Megiddo Caine ja Abeli lugu kahest mehest, kes on armunud samasse naisesse ja üles kasvanud vendadena, kes kasvasid üles nii, et avastasid kogu maailma saatuse.