James Cole kes oli 2035. aastal osariigi vang, võib tingimisi vabaneda, kui nõustub ajas tagasi rändama ja hävitama laastava katku. Viirus on hävitanud suurema osa Maa elanikkonnast ja ülejäänud elavad maa all, sest õhk on mürgine. Tulles tagasi aastasse 1990 kuus aastat enne katku algust, pannakse Cole peagi psühhiaatriaasutusse kinni, sest tema hoiatused kõlavad hullumeelse raevutamisena. Seal kohtab ta teadlast nimega dr Kathryn Raillyt ja Jeffrey Goinesit, väljapaistva viroloogi hullunud poega. Ametivõimud tagastavad Cole aastasse 2035 ja lõpuks jõuab ta kavandatud sihtkohta 1996. aastal. Ta röövib dr Railly, et teda oma otsingutel abistada. Cole avastab kaheteistkümne ahvi armee nimelise näilise loomaõiguslaste rühmituse grafitid, kuid mõistatusse süvenedes kuuleb ta hääli, kaotab orientatsiooni ja kahtleb oma mõistuses. Ta peab välja selgitama kas Goinesil, kes näib olevat raevukas hull, on mõistatuse võti.