Vaatajad viiakse tagasi kahe reaalsusega maailma, millest üks on igapäevaelu ja teine selle taga peituv. Nende kahe reaalsuse vahel peab liikuma ka Neo. Kuigi valik näib olevat vaid illusioon, on see siiski ainus viis Matrixisse pääsemiseks. Neo teab mida ta tegema peab, aga seda ta veel ei taipa, et Matrix on tugevam ja ohtlikum kui ei kunagi varem