37 000 aastat tagasi maeti ühte Texases asuvasse koopasse surmav saladus. Selle vallapääsamine võib tähendada kogu inimkonna hukku.

FBI eriagendid Fox Mulder ja Dana Scully (David Duchovny, Gillian Anderson) segatakse nende karjääri suurimasse vandenõusse. Neile pakub kaheldava väärtusega abi paranoiline teadlane Alvin Kurtzweil (Martin Landau). Tõe otsinguid segavad asjaosalised, kellel on nii võim kui vahendid, et saladuse avalikuks tulemist vältida. Hoolimata sellest jõuavad agendid iga sammuga tõele lähemale, mis on suurem kui nad arvata oskasid.