Aastal 2199 viis aastat pärast Gamilase rünnakuid Maale, on planeeti hävitanud tulnukate kiirituspommid ja inimkonna jäänused on peitunud maa alla. Ühel päeval avastab endine piloot Susumu Kodai planeedilt Iskandar saadetud sõnumikapsli, mis räägib seadmest mis suudab Maa pinnalt kiirguse eemaldada. Ühinenud Rahvaste Organisatsiooni Kosmoseamet taastab lahingulaeva Yamato uut tüüpi tõukejõusüsteemiga - Wave Motion Engine. See võimaldab tal Maa päästmise lootuses teha pika reisi Iskandarini ja tagasi. 73 päeva jooksul suureneb kiirgus ülejäänud inimkonna väljasuremiseks ja Gamilas imbub suurte jõududega Maale.