Kaks USA mereväe sukeldujat avastasid Nautiluse vee all lõksus koos kapten Nemoga kürogeenitult. Kui Nemo on taaselustatud, sõlmib valitsus temaga kokkuleppe tema laeva ümberehitamiseks mõne kaasaegse tehnoloogiaga vastutasuks selle eest, et ta aitab võita professor Cunninghami va hullumeelse geeniuse, kes ähvardab hävitada Washingtoni oma allveelaeva raketiga, kui talle ei maksta miljardit dollarit. Hiljem jätkab Nemo ja viib lõpule uppunud Atlantis linna otsingud, mis on 100 aastat edasi lükatud.