Teadlane on peaaegu suremas. Tema päästmiseks kahandatakse allveelaev mikroskoopiliselt väikseks ja süstitakse koos meeskonnaga tema vereringesse. Probleemid tekivad peaaegu kohe, kui nad sisenevad vereringesse. Teadlane Jan Benes kes teab määratud aja jooksul miniatuurseks tegemise saladust, põgeneb CIA agendi Granti abiga raudse eesriide tagant. Üleviimise ajal rünnatakse nende mootorsaani. Benes saab löögi pähe, mis põhjustab ajus veretrombi. Grant läheb kaasa teadlastega ja nad kahandatakse väikseks organismi sisenemiseks. Meeskonnal on tund aega aega, et pääseda Benesi ajusse, eemaldada tromb ja välja pääseda.