Järg populaarsele animele Naruto. Naruto: Shippuuden leiab aset kaks aastat pärast Naruto Sasuke Retrieval peatüki lõppemist (episoodid 107-135). Shippuuden jutustab jällegi deemonrebase kandjast Narutost, kes otsib koos Sakuraga Sasuket, kes Konohast lahkus. Shippuuden näitab ka rohkem Akatsuki tegevust, kes üritavad iga hinna eest kätte saada Naruto deemonrebast kui ka teisi inimesi, kes endas maagilisi elajaid kannavad.