Naruto räägib poisist nimega Naruto Uzumaki, ninja, kes tahab saada Hokage (auväärsem ninja) tiitlit. 12 aastat tagasi toimus külas võitlus deemonrebase ning 4 Hokage vahel; paljud ninjad surid, kuni 4. Hokage lukustas deemonrebase beebi sisse. Just sellest beebist kasvaski Naruto ning seetõttu näevad paljud külaelanikud teda kui deemonina. Nüüd, kus Naruto on Genin (kõige alam ninja), on ta kolmeliikmelises tiimis koos Sasuke ja Sakuraga ning oma õpetaja, Kakashiga. Koos võitlevad nad mitmete vaenlastega, astuvad vastu ohtudele ning täidavad missioone.