Ookeaniuurija Steve Zissou (Bill Murray) karjäär hakkab lõppema, kuna tema ettevõtmised on Alistair Hennessey-ga (Jeff Goldblum) rivaalitsemise tõttu pankroti äärele jõudnud. Lisaks sõi tema eelmisel missioonil üks hai ära tema partneri.

Täis viha ning kättemaksuhimu läheb Zissou koos värvika seltskonnaga enda viimasele missioonile - üritama kaaslase surma eest haile tagasi teha. Kuid kui ainult teele ei jääks ette niipalju piraate, asustamata saari ning inimröövleid ...