Animeeritud animafilm põhineb kuulsal koomiksi- ning multika seerial Teenage Mutant Ninja Turtles. Peale Shredderi hävitamist on kilpkonna perekond lahku läinud: Leonardo on viimase aasta jooksul

ümber maailma reisinud; Raphael on öösiti hulkunud mööda tänavaid, olles maskiga omakaitseväelane; Michelangelo on võtnud

vastu töö laste lõbustajana koos Donatelloga. Üritades hädavaevu perekonda koos hoida, aimab Splinter ohtu kuulsa teadlase näol ning nüüd kavatsebki ta koos kilpkonnadega järjekordselt maailma päästa.