Püssimees El Topo rändab koos oma pojaga läbi kõrbe, mis kubiseb röövlijõukudest ja bandiitidest. Nad saabuvad külla, mille elanikke just massiliselt mõrvatakse. El Topol õnnestub päästa üks naine, Mara, kellega nad asuvad hävitama nelja kõrbe kõige kangemat püssimeest. Oma poja jätab El Topo munkade hoole alla ja lõpetab Mara ülesande, kuid satub seejärel haavatuna kõrbesse, kust ta korjavad üles ja viivad oma koopasse moondunud inimeste klann. El Topo ärkab alles aastate pärast ning lubab teda aidanud sante vastu aidata ja kaevata nende koopast tunneli, mis viiks linna, et nad saaksid põgeneda.

Tegu on ühega kõige ainulaadsematest filmidest filmiajaloos.