Peategelasest nooruk Itou Makoto hakkab huvi tundma ühe tüdruku Kotonoha vastu, kes temaga samas rongis kooli sõidab. Ta teeb tütarlapsest ühel päeval mobiiltelefoniga pilti ning paneb foto oma mobiili taustapildiks, mida märkab poisi pinginaaber Saijonji Sekai. Sekai on uudishimulik, ent siiras ja armas tüdruk. Sekai otsustab Makotod aidata Kotonoha südame võitmisel, kuid peagi selgub, et ka tema tunded Makoto suhtes ei ole ükskõiksed.

School Days on samanimelise mängu adaptsioon.