Gundam X on lugu Seitsmenda Kosmosesõja ellujääjatest, kes elavad oma tsivilisatsiooni varemetes. Kõdunenud Maal hulkuvad ringi "Raisakotkad", sõjamaterjalide ning varemetes olevate linnade jäänuste korjajad. Sellesse gruppi kuulub ka peategelane, viieaastane Garrod Ran. Samal ajal üritavad sõjajalal olevad fraktsioonid taastada kadumaläinud hiilgust, kasutades NewTypesi, et vallutada maailm. Kuid Jamil Neate, Gundam X endine piloot, Garrod Ran ja NewType tütarlaps Tiffa Adil üritavad leida moodust, kuidas maailma päästa.