Anime räägib grupist nimega Gendai Shikaku Bunka Kenkyūkai, ehk siis inglise keeles The Society for the Study of Modern Visual Culture. Grupi liikmed on enamjaolt otakud (niiöelda nohikud, kes on anime ning videomängude friigid) ning anime jälgibki nende tegevusi ja huve, olgu see siis anime, manga, videomängud või pornograafiline doujinshi (jaapani indie koomiks). Anime vastab ka mitmele küsimusele ning näitab otakude elutegevust. Erinevalt ka teistest animedest, ei ole sellel animel mingit pealiini. Genshiken lihtsalt jälgib nende igapäeva tegevusi.

Vaatamata kohati pervertsele sisule, ei sisalda see anime seksi jms.