Niigi nad elavad juba maailmas mis neid ei usalda, nüüd tuleb mutantidel vastu seista veelgi raskema vastasega. Kuuldused sellest tormijooksust tekitavad ühiskonnas veelgi suuremat pahameelt. Üks mutantide vastase seadus-andluse häälekamaid toetajaid William Stryker (Brian Cox) laseb käiku plaani, mille käigus juuritaks ühiskonnast välja igasugune mutantide tegevus, korraldataks rünnak X-meeste häärberile ja koolile. Magneto (Ial McKellen) moodustab Proffessor Xavieriga (Patrick Stewart) ebatavalise alliansi, et nende liik veel siinilmas püsima jääks.