Selles seriaalis on Kilpkonnad juba vanemad ja nendega liitub viies, naiskilpkonn Venus De Milo, kes koos ülejäänud neljaga muteerus, kuid uhuti nende juurest kanalisatsioonis minema. Pärast 17 aastat kestnud Shinobi võitluskunsti õpinguid Hiinas naaseb Venus New Yorki, et abistada teisi Ninjakilpkonni, kes seisavad silmitsi uute vastastega nagu Draakonilord, Terasluu ja Vam Mi.